Ташкентский зоопарк был организован в 1924 году на части территории бывшей загородной дачи генерал-губернатора Туркестана. До этого на даче генерал-губернатора существовал небольшой зверинец, являвшийся частью художественного музея, располагавшегося на территории дачи.
В 1997 году был пущен в эксплуатацию новый зоопарк, расположенный рядом с Ботаническим садом города. Его территория теперь располагается на площади в 21,5 га, видовой состав коллекции увеличен до 373.